Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berdiri pada tahun 2013. Berdirinya Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam bersamaan dengan proses alih status STAIN Padangsidimpuan menjadi IAIN Padangsidimpuan berdasarkan Peraturan Presiden No 52 Tahun 2013 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Padangsidimpuan menjadi Institut Agama Islam Negeri Padangsidimpuan yang ditandatangani oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 30 Juli 2013. Perpres ini diundangkan di Jakarta pada tanggal 6 Agustus 2013 oleh Menteri Hukum dan HAM RI, Amir Syamsudin pada Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2013 Nomor 122.

Tindak lanjut dari Perpres tersebut adalah lahirnya Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No. 93 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Padangsidimpuan yang diundangkan di Jakarta pada tanggal 12 Desember 2013 oleh Menteri Hukum dan HAM RI, Amir Syamsudin pada Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2013 Nomor 1459.

Melalui peningkatan status ini, IAIN Padangsidimpuan memiliki 4 Fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum, Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, dan Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi. Artinya IAIN Padangsidimpuan dipercaya untuk melaksanakan arahan Kementerian Agama untuk mewujudkan integrasi dan interkoneksi dan menghilangkan dikotomi ilmu pengetahuan, meskipun terbatas pada ilmu-ilmu sosial dan humaniora.

Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam merupakan Fakultas termuda dari segi pengalaman, meskipun keempat fakultas sama lahirnya,sebab 3 (tiga) Fakultas lainnya merupakan peningkatan status dari Jurusan yang ada ketika masih di bawah bendera STAIN..

Sejalan dengan alih status Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Padangsidimpuan menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Padangsidimpuan melalui Peraturan Presiden RI Nomor 52 Tahun 2013, ada 4 (empat) Fakultas di lingkungan IAIN Padangsidimpuan, yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam memiliki 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Perbankan Syariah dan Jurusan Ekonomi Syariah.